Naquela que já é chamada a maior descoberta no Vale dos Reis do Egito desde o achado do túmulo do rei Tutankhamon, "Os Segredos da Rainha Perdida do Egito" do Canal Discovery, revela em exclusivo as provas arqueológicas, forenses e científicas que identificam uma múmia com 3 mil anos como sendo a de Hatshepsut, o maior faraó feminino do Egito. Mais poderosa do que Cleópatra ou Nefertiti, Hatshepsut tomou o trono do seu jovem enteado, vestiu-se como homem, e num ato inédito, declarou-se faraó.

Apesar de ter exercido o seu poder por todo o Egito e o seu reinado ter sido próspero, o legado de Hatshepsut foi sistematicamente apagado da história egípcia, registros históricos foram destruídos, monumentos tombados e o seu cadáver removido do seu túmulo. O filme segue uma equipe de peritos forenses e arqueólogos, liderada pelo Dr. Zahi Hawass, o secretário-geral do Conselho Supremo de Antiguidades do Egito, enquanto utilizam um vasto leque de tecnologia forense para identificar Hatshepsut.